Jak jistě chápete, vše v medicíně a chirurgii obzvláště může přinášet svá negativa a komplikace. U endoskopické operativy syndromu karpálního tunelu se zřídka setkáváme s pooperačním podkožním hematomem (krevním výronem, podlitinou či chcete-li modřinou). Nelze samozřejmě zcela vyloučit zánět v operačním poli či mechanické poškození uvolňovaného mediálního nervu.